Serviciul Vamal este condus de un director, asistat de unul sau mai mulţi directori adjuncţi, numărul cărora se stabileşte de către Guvern, la propunerea ministrului finanțelor.
Structura sistemului vamal:
- aparatul central - instituţie care asigură coordonarea şi monitorizarea activităţii vamale la nivel naţional; elaborează acte normative în domeniul vamal; asigură procesul de management şi dezvoltare instituţională; asigură reprezentarea Serviciului Vamal în raport cu alte autorităţi publice, mediul de afaceri, societatea precum şi pe plan extern.
- birouri vamale - unităţi teritoriale ale Serviciului Vamal care asigură respectarea reglementărilor vamale în zona sa de competenţă. Din sistemul vamal fac parte 3 birouri vamale: Biroul vamal Nord; Biroul vamal Centru și Biroul vamal Sud
- posturi vamale - unităţi teritoriale subordonate biroului vamal, care asigură perceperea drepturilor de import, aplicarea procedurilor prevăzute de reglementările vamale, vămuirea şi controlul vamal. Posturile vamale asigură perfectarea actelor vamale pentru transportul rutier, feroviar, naval, fluvial, aerian precum şi trimiterile poştale. Structura posturilor vamale cuprinde posturi vamale de frontieră (la frontiera de stat moldo-ucraineană şi la frontiera moldo-română) şi posturi vamale interne.
Începând cu anul 2017, Serviciul Vamal activează în baza unei noi organigrame, care este rezultatul reformei instituţionale promovate şi implementate pe parcursul anului 2016. Astfel, în procesul reorganizării a fost optimizat numărul birourilor vamale de la 7, la 3, precum şi efectivul-limită, care a fost optimizat cu 12%. Dinamica reformelor demarate a determinat și noile principii de management. Astfel, reorganizarea Serviciului Vamal a avut ca obiectiv dezvoltarea structurii instituționale capabile să asigure o administrare vamală eficientă la nivel strategic şi cel operaţional, crearea unui cadrul raţional de organizare a autorităţii vamale, cu un coraport între funcții de conducere și de execuție optim, precum şi delimitare clară a responsabilităţilor pentru fiecare subdiviziune.
În cadrul reorganizării o atenție sporită a fost acordată evaluării necesităților de personal în punctele de trecere a frontierei în vederea asigurării fluidizării traficului de persoane și mijloace de transport. În acest context, reforma prevede întărirea funcțiilor de execuție din contul celor de conducere. Totodată, structura modernizată asigură fortificarea mecanismelor de colaborare între aparatul central și birourile vamale, precum şi eficientizarea sistemului de control intern.
